José Francisco de Faria Costa nasceu em 26 de janeiro de 1950. Licenciou-se em Direito em 1974 na Faculdade de Direito da Universidade de Coimbra com a classificação final de 17 valores. Pós-Graduou-se na mesma Faculdade em 1980 em Ciências Jurídico-Criminais, apresentando a dissertação "A caução de bem viver. Um subsídio para o estudo da evolução da prevenção criminal", tendo obtido a classificação final de Muito Bom com 18 valores. Em 1992, Doutorou-se na Faculdade de Direito da Universidade de Coimbra com a tese "O perigo em direito penal (Contributo para a sua fundamentação e compreensão dogmáticas)", tendo sido aprovado com distinção e louvor. Em março de 1992 é contratado como Professor Auxiliar. Em 1997 passou à Categoria de Professor Associado em nomeação definitiva. Em janeiro de 2004 é aprovado por unanimidade para a categoria de Professor Catedrático.
Foi Presidente do Conselho Diretivo também da Faculdade de Direito da Universidade de Coimbra entre 2005 e 2009. Entre 2009 e julho de 2013 foi Presidente do Instituto de Direito Penal Económico e Europeu. Exerceu as funções de Provedor de Justiça de Portugal entre julho de 2013 e novembro de 2017.
Por inerência fez parte do Conselho de Estado. No dia 10 de março de 2016 assumiu a Presidência da Federação Ibero-Americana de Ombudsman (FIO).
É, atualmente, Diretor das Faculdades de Direito e Direito e Ciência Política da Universidade Lusófona (Centros Universitários de Lisboa e do Porto, respetivamente).